元朝末年，天灾人祸不断，汉人在蒙古人的欺压下积恨日深，在动乱的武林中，出现了二十四字真言：“武林至尊，宝刀屠龙，号令天下，莫敢不从，倚天不出，谁与争锋”。
话说张翠山夫妇与谢逊在荒岛上过了多时，这日正当谢逊疯病发作时，殷素素生下了一个男孩，谢逊为其取名为无忌，十年后，张翠山夫妇与无忌回到中原，而谢逊依然留在荒岛上。
张翠山夫妇回到中原，无忌在半路被蒙面的官兵用玄冥神掌打伤，回到武当山后，因为各大门派觊觎屠龙宝刀，又将无忌的父母双双逼死。
游戏一开始，张三丰询问无忌是否去少林寺时，选择再休息一下，张三丰便会带无忌在武当山上逛一逛。先去紫霄宫大殿，到楼上和在修箱子的俞莲舟讲话（要无忌多说几次），会得到一个防风，叫你去交给张松溪。从紫霄宫右边的门出去，来到七侠居。从正上方的房子进去，见到殷梨亭，跟他对话得知张松溪在后山，在书架上可读到太极拳的第一、二式，出门进左边的房，见到宋远桥对话后得到一些药，书架上可读到太极拳的第三式，从右边进里屋，和俞岱岩对话得到猎户服，在他前面的书架上可读到太极拳第四式，书架顶上有太极图的详解。出屋子，向后山走，在后山的左边可捡到"九环玄晶"（好东西，千万别丢了！！）往前走，在张三丰的卧室前见到张松溪，把防风交给他，会得到一个药方和三颗"还魂丹"。进卧室，左上角的箱子里可得到一些药，书架上可读到太极拳的总诀，还会得到一根"奇怪的杆子"（跟"九环玄晶"一样，千万别丢了！！）。当你把四式太极拳、太极拳总诀和太极图的详解都读过以后，出七侠居时，张三丰就会给你一本太极拳谱。（哈哈哈！！）
到少林寺后方丈当然不会拿出《九阳神功》啦，只好走人罗。下山会遇见已中截心掌的常遇春和周芷若被蒙古兵追杀，把蒙古兵杀得片甲不留。这时无忌的寒毒发作，为报恩常遇春与小无忌去蝴蝶谷找神医，而张三丰带周芷若回了武当。
在蝴蝶谷，神医胡青牛让无忌加入明教，否则见死不救，无忌记着张三峰的教诲，坚决不从。其后胡发现无忌中的是疑难杂症，不禁心痒难当于是决定先医好再把他弄死。
无忌得到《子午针灸经》后，去柴房得到柴刀、钓钩及截心掌解药（烈火丹+镇风丸）的制法，有个药炉一定要拿哦，炼药要用到的，不然就不能炼药了啊。从胡青牛口中得知"青蛇+防风"可得镇风丸，从胡房中书经里得知"大蒜+鹿茸"可得烈火丹。去后山用柴刀砍下竹枝制成竹针，在书房内外分别找到大蒜、青蛇、丝线、酒等物，制成解药后救好常遇春。
这天，圣手伽蓝简捷等三人负伤入谷求医，胡青牛自然见死不救。不久受伤的峨嵋派纪晓芙及其女儿杨不悔也来到谷中，为了救纪晓芙，再次向胡青牛求教，得到解药是“寒潭白鱼”，将得到的丝线及钓钩合成鱼钓，去柴房左上角的角落得到蚯蚓（记得多挖几次，因为多数钓上来的只是“鱼”而不是“寒潭白鱼”），到后山砍竹枝，与鱼钓合成“无饵鱼钓”，再与蚯蚓合成“有饵鱼钓”，在寒潭边的大石头上钓得“寒潭白鱼”，治好纪晓芙。简捷等人见无忌年纪轻轻有如此高的医术，苦苦哀求无忌为其救治，只好答应罗。在书房中查到治疗的方法，出发吧。
在后山的迷宫里有“姬发”和“天母圣姬”两张魔法卡。魔法卡可以按《天子传奇》中的关系结合起来，可使用《天子传奇》中的最高魔门武功——“魔光日无极”和正派的最高武功——“天惊地动”。“魔光日无极＝天魔蚀魂＋天魔极乐(妲己＋魔君)”、“天惊地动＝姬发＋天女(天帝＋天母圣姬)”。得到“白蜜”、“断肠草”和药王神康海的遗书和药方。（在得到“白蜜”的地方多停留一会，练练你的武功吧！）在青牛居对面的大树下挖出“蜈蚣”与“红蝎”，加上酒合成了“二仙化毒膏”，大树旁的药架上得到血竭等物，将“血竭”“断肠草”合成“断血散”。（还记得挖蚯蚓的地方吗？再去一次吧。多挖一点哟！然后和离柴房最近的那只鸡说话，无忌会用蚯蚓喂鸡，不停地喂，过一会儿鸡就会同你讲话了，将得到镇龙石（跟九环玄晶一样，千万千万别丢了！！）。也可以在挖蜈蚣的大树下挖到，不过这就要看你的运气罗，要是你运气好有两块的话更好，把它带着吧，到了沙河镇是可以卖的，值一万元呢！当然记得要留一块哟！）好了，去解除别人的痛苦吧。三人的病情反复无常，令无忌好生奇怪，这天发现一黑衣人在水中下毒，原来是胡青牛的老婆"毒仙"王难姑，两人斗气几十年，这次又互斗而倒下，来找麻烦的金花婆婆见此安然而去。无忌随后用"牛黄"加上"血竭"调和成"牛黄血竭丸"，找到"丹砂"、"龟甲"调成"玄冰散"，"鹿茸"、"龙骨"调成"降龙散"，将"玄冰散"、"降龙散"调和成"玉龙苏和散"，救醒两人。两人让无忌造个假坟以骗金花婆婆，遂赠三颗"九转苍龙丹"和三支"千年雪参"后飘然离去。
无忌造完假坟后骗过了金花婆婆，此时灭绝师太出现，灭绝师太与金花婆婆对决，金花婆婆不敌倚天神剑离开。灭绝师太要纪晓芙回杨逍身边伺机杀杨逍，纪晓芙不从，死于灭绝师太掌下，无忌拉着杨不悔赶快逃走。
路上遇见了昆仑派的詹春奉命追杀苏习之，詹、苏两人同时中毒，无忌为救两人，来到沙河镇。要救两人需要紫血丹，"紫血丹＝紫雪宝丹(何首乌＋紫河车)＋活血丹(燕窝＋五味子)"。到镇上后，药店老板不在家，从街上的货郎处购得"何首乌"、"燕窝"、"五味子"、"紫河车"（紫河车和五味子只有街上的货郎才有）。在沙河镇客栈右边有一个杂货商，有兴趣的话，去看看吧。左边有一个算命先生，找他算算吧，100两？没问题，哎呀，400两？好吧，查不到？没关系，你慢慢查吧，我等会再来好了。现在到客栈楼上找到药店老板，他会告诉你，他老婆等会回来。到药店去吧，哈，老板娘已经回来了！（这里有一根杆子，跟在张三丰房里得到的那根一样，现在将两根杆子组合在一起，得到了一根撞球杆"马首的球杆"，和镇龙石、九环玄晶一样，好好地带在身边，有大用处哟！！！）把你包裹里的东西全部拿出来，除了炼丹炉。用你所有的钱买"独活"、"远志"，将它们调成"还魄丹"，你的包裹满了吗？去找当铺老板吧，看看你的钱包鼓起来了哟！（那还用说买药才700元，可是卖出去是2000元）多跑几次吧，因为好的装备实在太贵了。差不多了吧？该去找算命先生罗，怎么还是查不出来？退钱？太好了，得到1200元，这是用500元换的，划算哟。拿到钱当然去买最好的装备罗。救醒詹、苏后，见两人上昆仑，于是一齐同行。
在昆仑山上，掌门人何太冲正因小妾五姑得了怪病而烦恼，于是，詹春向师父推荐了无忌。无忌发现病是由金银血蛇引起，为了捉蛇，得以"断肠草"、"青陀罗花"制成"驱虫药水"，以"鸡蛋"、"灵脂兰"制成"醉蛇膏"，可分别在铁琴居走道和三圣堂外取得。捉住金银血蛇，要选个药引，选"乳香"。救了五姑，何太冲为此感激而送无忌下山时，却被冲出来的大夫人班淑娴阻拦，原来蛇是她放的。想不到何太冲居然是个"气管炎"，正准备杀无忌时，杨逍出现，救出无忌、不悔。无忌把不悔的身世告诉杨逍，随后独自下山。正在悬崖上欣赏风景的时候，被追来的班淑娴打下悬崖。
